A neuroendoscopia surgiu no início do século 20 inicialmente com a finalidade de tratar alguns tipos de hidrocefalia - situação em que há um aumento do conteúdo liquido intracraniano. Após um período latente tal recurso voltou a se desenvolver acompanhando sobretudo a evolução dos recursos de imagem e iluminação. Por exemplo, as técnicas de imagem 3D estão sendo incorporadas aos neuroendoscópios, e com um sistema semelhante aos dos televisores 3D domiciliares permitiu-se ultrapassar umas das barreiras relativas que havia dentro da neuroendoscopia: exatamente a falta de visão tridimensional, em profundidade.
Com isso conta-se hoje com várias opções e modelos de neuroendoscópios, técnicas de abordagem, e indicações outras além da hidrocefalia.
Suas indicações atuais principais são: